10.4 微生物数据完整注释问题

微生物数据分析中，经常会将数据折叠成门纲目科属种不同级别进行下游分析。但是受限于数据库注释的不规范，个别菌种可能存在下级注释同名，而上级注释不同名的情况。这种情况会导致EMP_collapse函数在属级别数据折叠中，错误的将不同的菌合并在一起。如下：

因此，EasyMultiProfiler提供了两种微生物注释方式：完整层级注释和单一层级注释。用户可以根据需求选择合适的方式。完整层级注释在注释上更为严谨，适合进行不涉及具体细菌名称的分析和绘图（如α多样性、β多样性分析）。这种情况下，推荐直接使用完整层级注释名称。如果涉及具体细菌名称的绘图，建议先使用ggsave保存图形，再手动调整标签和注释，以提高图形的可读性。单一层级注释则在绝大多数情况下能够满足需求，并且不会影响可视化效果。

🏷️示例1：

原始注释为单一层级注释：

MAE |>
  EMP_assay_extract('taxonomy') |>
  EMP_collapse(estimate_group = 'Phylum',collapse_by = 'row')

转换为完整注释：

MAE |>
  EMP_assay_extract('taxonomy') |>
  EMP_feature_convert(from = 'tax_single',add = 'tax_full') |>
  EMP_collapse(estimate_group = 'Phylum',collapse_by = 'row')

将完整注释转换回单一层级注释：

MAE |>
  EMP_assay_extract('taxonomy') |>
  EMP_feature_convert(from = 'tax_single',add = 'tax_full') |>
  EMP_feature_convert(from = 'tax_full',add = 'tax_single') |>
  EMP_collapse(estimate_group = 'Phylum',collapse_by = 'row')

🏷️示例2： 完整注释后进行多样性分析

MAE |>
  EMP_assay_extract('taxonomy') |>
  EMP_feature_convert(from = 'tax_single',add = 'tax_full') |>
  EMP_collapse(estimate_group = 'Species',collapse_by = 'row') |>
  EMP_alpha_analysis()